بر اساس تحقیقات انجام شده میکروارگانیزم‌های پروبیوتیک می‌توانند سیستم ایمنی موجود را علیه عوامل بیماری‌زا تحریک و فعال کنند و یا با تولید ترکیبات ضد میکروبی، علیه عوامل بیماری‌زا، سبب مرگ آنها گردند .

در واقع این باور وجود دارد که اثر اصلی پروبیوتیک‌ها با تثبیت فلور میکروبی روده مشخص می‌شود که این فلور میکروبی نقش محافظت کننده‌ای در برابر بیماری‌های مختلف از خود نشان می‌دهد. به بیان ساده‌تر، باکتری‌های پروبیوتیک به کمک باکتری‌های مفید دستگاه گوارش شتافته و با همکاری یکدیگر، در برابر باکتری‌های بیماری‌زا مقاومت می‌کنند.

باکتری‌های پروبیوتیک با حفظ فلور طبیعی روده و کنترل میکروارگانیزم‌های بیماری‌زا سبب کاهش خطر ابتلا به بیماری‌های ناشی از مصرف مواد غذایی می‌گردند. تحقیقات نشان داده‌اند که مصرف مکمل‌های پروبیوتیک یا فرآورده‌های حاوی این باکتری‌ها، به محیط میکروبی طبیعی روده کمک می‌کند تا خود را بازسازی کند. همچنین طبق بررسی‌های انجام شده، پروبیوتیک‌ها قادرند جذب مواد آلرژی‌زای برخی فرآورده‌ها نظیر لبنیات را از طریق روده کاهش داده و از این طریق از عوارض بسیاری بیماری‌های گوارشی و آلرژی‌ها نظیر عدم تحمل لاکتوز بکاهند.

تحقیقات مختلف نشان داده اند که مصرف فرآورده‌های حاوی پروبیوتیک می‌تواند در پیشگیری از چربی خون بالا و نیز در کاهش کلسترول و خطر سکته، اثر بخشی امیدوار کننده‌ای داشته باشند.

افزایش کلسترول موجود در خون و رسوب آن در جداره عروق، ارتباط مستقیمی با حمله قلبی و مغزی دارد. مصرف فرآورده‌های حاوی پروبیوتیک، سبب کاهش چربی خون می‌شود. با مصرف این مواد، اسیدهای چرب با زنجیره کوتاه تولید می‌شود که سنتز کلسترول را در کبد متوقف ساخته و سبب حرکت کلسترول پلاسما به کبد می‌گردد.

همچنین باکتری ها از طریق ممانعت اتصال کلسترول به نمک‌های صفراوی از جذب آن جلوگیری می‌کنند.

مطالعات نشان داده اند که پروبیوتیک‌ها می‌توانند با فعال کردن سیستم ایمنی، خطر ابتلا به انواع سرطان را کاهش دهند.

همچنین این باکتری‌ها از طریق کاهش غظت مدفوعی آنزیم‌ها و نمک‌های صفراوی و کاهش جذب موتاژن‌های مضر که عامل سرطان کولون هستند، نقش موثری در پیشگیری از بیماری ایفا می کنند.

متأسفانه در کشور ما مصرف بی‌رویه وگاها خود سرانه آنتی بیوتیک‌ها در درمان بیماری‌ها، به شدت افزایش یافته است. همچنین علاوه بر مصرف مستقیم این داروهای شیمیایی توسط انسان، استفاده از آنتی بیوتیک‌ها در تغذیه دام و طیور نیز راهکاری سریع جهت تقویت سلامت آنها بشمار می‌رود. حال آنکه استفاده بی‌رویه، خطر توسعه باکتری‌های مقاوم به آنتی بیوتیک را افزایش می‌دهد.

باکتری‌های پروبیوتیک می‌توانند جایگزینی برای آنتی بیوتیک‌ها جهت حفظ سلامت و تقویت رشد بوده و از اثرات سوء ناشی از مصرف داروهای شیمیایی بکاهند.

پروبیوتیک‌ها می‌توانند برخی از ویتامین‌ها و مواد ضروری برای رشد را تولید و در اختیار موجود قرار دهند که این امر به بهبود و ارتقای سلامت کمک می‌نماید. همچنین این میکروارگانیزم‌های زنده، دارای سیستم آنزیمی پرقدرتی می‌باشند و از این رو می‌توانند در هضم و جذب مواد غذایی به میکروفلور طبیعی بدن کمک نمایند.